Ο Αριστείδης Αγαθοκλής εντάχθηκε στο διπλωματικό σώμα το 1974. Από το 1980 έως το 1985 διετέλεσε Γραμματέας της Μόνιμης Αντιπροσωπείας της Ελλάδας στην Ε.Ο.Κ. (Βρυξέλλες).