Ο Εμμανουήλ Φραγκούλης έχει διατελέσει Επισκέπτης Ερευνητής σε μεγάλα Ερευνητικά κέντρα του εξωτερικού, και Καθηγητής Βιοχημείας στο Πανεπιστήμιο Αθηνών. Έχει εκλεγεί αρκετές φορές Πρόεδρος της Σχολής Βιολογίας. Έχει διατελέσει Γενικός Γραμματέας Επιστήμης και Τεχνολογίας στο Υπουργείο Ανάπτυξης, της Ελλάδας, Πρόεδρος του Εθνικού Κέντρου Δημόσιας Διοίκησης και Πρόεδρος της Ομοσπονδίας Ευρωπαϊκών Βιοχημικών Εταιρειών. Έχει τιμηθεί με διάφορες υποτροφίες μεταξύ των οποίων και από την Alexander von Humboldt Stiftung.