Ο Εμμανουήλ Φραγκούλης έχει διατελέσει Επισκέπτης Ερευνητής σε μεγάλα Ερευνητικά κέντρα του εξωτερικού, και Καθηγητής Βιοχημείας στο Πανεπιστήμιο Αθηνών.