Ο Κωνσταντίνος Στρατάκης είναι επιστημονικός διευθυντής της ELPEN, Inc. στην Αθήνα και διευθυντής του τομέα Aνθρώπινης Γενετικής και Ιατρικής Ακριβείας στο Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας Ελλάδος (ΙΤΕ).
Διετέλεσε Επιστημονικός Διευθυντής του Εθνικού Ινστιτούτου για το Παιδί, την Υγεία και την Ανάπτυξη των Εθνικών Ινστιτούτων Υγείας (NIH) στις ΗΠΑ για σχεδόν 11 χρόνια, επικεφαλής ενός από τα μεγαλύτερα ινστιτούτα του NIH (2009-2020), πριν επιστρέψει στην Ελλάδα το 2021 για να ηγηθεί ενός νέου Ερευνητικού Ινστιτούτου.
Ο Δρ Στρατάκης τιμήθηκε με το μετάλλιο Dale 2019 από την Εταιρεία Ενδοκρινολογίας και πολλές άλλες τιμητικές διακρίσεις. Είναι επισκέπτης καθηγητής στο Ευρωπαϊκό Πανεπιστήμιο Κύπρου και επισκέπτης καθηγητής σε πολλά ιδρύματα σε όλο τον κόσμο, συνεκδότης του περιοδικού Molecular & Cellular Endocrinology και άλλων περιοδικών. Έχει περισσότερες από 800 δημοσιεύσεις σε κορυφαία περιοδικά και το έργο του έχει αναφερθεί περισσότερες από 28.000 φορές.