Ο Ηρακλής Χαραλαμπίδης είναι καθηγητής οικονομικών από το 1992. Έχει διδάξει σε 9 πανεπιστήμια (και 7 διαφορετικές χώρες) με κύρια εκείνα των Erasmus University Rotterdam, Σορβόννης, National University of Singapore (NUS), Singapore Management University (SMU) και Nanyang Technological University. Κατέχει επίσης την έδρα ‘διακεκριμένου καθηγητή’ Ναυτιλιακής Οικονομίας και Λιμένων στο πανεπιστήμιο Dalian Maritime University της Κίνας και είναι επίτιμος επισκέπτης καθηγητής στο Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (τμήμα διαχείρισης λιμένων και ναυτιλίας).

Είναι ιδρυτής του Εrasmus Center for Maritime Economics and Logistics (MEL) και της επιστημονικής επιθεώρησης Maritime Economics & Logistics (MEL), που εκδίδεται τα τελευταία 28 χρόνια από τους Palgrave–Macmillan (www.palgrave.com/41278). Έχει συγγράψει περισσότερα από 400 επιστημονικά άρθρα, βιβλία, αναφορές, κλπ., στα ευρύτερα αντικείμενα της ναυτιλίας, λιμένων, στρατηγικών υποδομών, εφοδιαστικής αλυσίδας και γεωπολιτικής. Με FWCI=5, ο καθηγητής Χαραλαμπίδης είναι ο επιδραστικότερος ναυτιλιακός οικονομολόγος στον κόσμο.

Έχει συμβουλεύσει κυβερνήσεις, διεθνείς οργανισμούς αλλά και τον ιδιωτικό τομέα, ενώ για μια σειρά ετών συνεργάστηκε στενά με τον πρώην Επίτροπο Μεταφορών της ΕΕ, Lord Neil Kinnock. Τέλος, την περίοδο 2011-2015, και παράλληλα με τα ακαδημαϊκά του καθήκοντα, είχε αναλάβει τη διοίκηση του Ιταλικού λιμένα του Μπρίντιζι. Το 2008 παρασημοφορήθηκε με το χρυσό σταυρό του τάγματος του φοίνικος από τον Πρόεδρο της Ελληνικής Δημοκρατίας.