Ο Ηρακλής Χαραλαμπίδης είναι καθηγητής οικονομικών από το 1992. Έχει διδάξει σε 9 πανεπιστήμια (και 7 διαφορετικές χώρες), κυρίως στα Erasmus University Rotterdam, Σορβόννη, National University Singapore (NUS), Singapore Management University (SMU) and Nanyang Technological University (NTU). Κατέχει επίσης την έδρα ‘διακεκριμένου καθηγητή’ Ναυτιλιακής Οικονομίας και Λιμένων στο πανεπιστήμιο Dalian Maritime University της Κίνας. 

Είναι ιδρυτής του Εrasmus Center for Maritime Economics and Logistics (MEL) και της επιστημονικής 
επιθεώρησης Maritime Economics & Logistics (MEL), που εκδίδεται τα τελευταία 26 χρόνια. Έχει συγγράψει περισσότερα από 400 επιστημονικά άρθρα, βιβλία, κλπ. στο ευρύτερο αντικείμενο της ναυτιλίας, λιμένων, εφοδιαστικής αλυσίδας και γεωπολιτικής. Σύμφωνα με τον δείκτη (FWCI) των Elsevier, Scopus και Web of Science, ο καθηγητής Χαραλαμπίδης είναι ο κορυφαίος ναυτιλιακός οικονομολόγος στον κόσμο με FWCI=4.5. 

Έχει συμβουλεύσει κυβερνήσεις, διεθνείς οργανισμούς αλλά και τον ιδιωτικό τομέα, ενώ για σειρά ετών συνεργάστηκε στενά με τον τότε Επίτροπο Μεταφορών της ΕΕ, Neil Kinnock. Τέλος, την περίοδο 2011-2015, και παράλληλα με τα ακαδημαϊκά του καθήκοντα, είχε αναλάβει τη διοίκηση του Ιταλικού λιμένα του Μπρίντιζι. Το 2008 παρασημοφορήθηκε από τον Πρόεδρο της Ελληνικής Δημοκρατίας.